Sono passati sei anni dalla fine della serie, l'ex agente dell'FBI Dana Scully è ora un medico dell'"Our Lady Of Sorrows Hospital", un ospedale cattolico, ed è alle prese con un bambino di nome Christian affetto dalla malattia di Sandhoff, una condizione terminale del cervello. L'agente dell'FBI Drummy chiede a Scully di aiutarlo nella localizzazione di Fox Mulder, il latitante capo della divisione degli X-Files, chiedendo aiuto per la scomparsa misteriosa di numerose donne, compresa la giovane, anche lei agente dell'Fbi, Monica Banan. Scully acconsente e convince Mulder nonostante inizialmente abbia dubbi sulla veridicità dell'FBI.... ...