Dopo che Jason Bourne ha svelato al mondo intero l'esistenza del programma segreto Treadstone, la Cia teme che si scoprano anche gli altri programmi usati per formare spie e combattenti. Il programma più a rischio è l'Outcome, evoluzione diretta del Treadstone e usato per addestrare sei agenti speciali per il Dipartimento della Difesa come Aaron Cross (Jeremy Renner). Le rivelazioni di Bourne preoccupano anche Ric Byer (Edward Norton), vera mente dientro alla nascita dei due programmi. Per evitare che si scoprano i collegamenti tra il caso Bourne e la sua agenzia di ricerca, Byer è disposto a cancellare ogni traccia del Treadstone e del suo derivato Outcome, compresi scienziati, medici e agenti coinvolti.