Nel 2199, cinque anni dopo dall'inizio dell'attacco alla Terra da parte dei Gamilas, il pianeta è devastato dalle radiazioni delle bombe aliene e gli umani si sono trasferiti a vivere sottoterra. Un giorno, l'ex pilota Susumu Kodai scopre che esiste un modo per rimuovere leradiazioni e l'amministrazione spaziale internazionale ricostruisce la nave spaziale Yamato, affinché Susumu e il suo equipaggio arrivino fino al pianeta Iskandar e salvino l'umanità da una distruzione totale prevista entro 73 giorni.
