Daphne, Velma e Fred sono ancora studenti alla Coolsville High quando incontrano Shaggy con il pavido cucciolone Scooby Doo e insieme formano una squadra affiatata. Nella scuola si manifestano strane presenze soprannaturali, ma il preside non crede all'esistenza dei fantasmi e accusa i quattro ragazzi di aver messo in scena un clamoroso scherzo ai danni dell'istituto. Il gruppo di amici viene ingiustamente sospeso dalle lezioni, ma non si perde d'animo: l'unico modo per dimostrare la loro innocenza è indagare sul caso, con l'aiuto dell'inseparabile cane, e smascherare gli spettri che si aggirano tra gli armadietti del liceo......