Sequel della Parte 1 - L'inizio della storia, il film corrisponde agli episodi dall'ottavo fino al dodicesimo e ultimo della serie televisiva, ed è incentrato sulla figura di Homura Akemi, la misteriosa studentessa che vuole impedire a tutti i costi che Madoka diventi una maga, stringendo un patto con Kyubey, il simpatico animaletto che offre alle giovani protagoniste la possibilità di diventare delle maghe, in cambio della realizzazione di un loro desiderio. L’alieno però ha omesso di rivelare alle ragazze il prezzo da pagare per diventare maghe
