I fratellastri Phineas e Ferb, insieme all'ornitorinco Perry, per seguire il diabolico dottor Doofenshmirtz attraverso il suo "altrodimensionatore", finiscono intrappolati in una dimensione parallela dove regna incontrastato un doppio del dottore ancora più cattivo e a capo di un esercito di pericolosi robot di ferro. Per salvarli dal pericolo, l'ornitorinco svela la sua vera identità di agente segreto e per trarlo in salvo i due fratellastri, insieme ai loro cloni e nuovi amici, dovranno affrontare il nemico in un'epica battaglia....