Dopo il terribile massacro della sua famiglia per mano del freddo mercenario Sub-Zero, Hanzo Hasashi viene esiliato nel Netherrealm. Qui, accetta di servire il sinistro Quan Chi, in cambio della possibilità di poter vendicare la sua famiglia, tornando in vita come Scorpion, un'anima perduta dedicata alla vendetta. Nel Regno della Terra, Lord Raiden raduna una squadra di guerrieri d'élite – il monaco Shaolin Liu Kang, l'ufficiale delle forze speciali Sonya Blade e la stella del cinema Johnny Cage - con il compito di salvare l’umanità. Per riuscire nella missione, dovranno sconfiggere orde di gladiatori del Regno Esterno di Shang Tsung, fino a diventare campioni del torneo di Mortal Kombat.