La serie vede come protagonista un Net-Manager (Net-Operatore) di nome Lan Hikari. Vive in un mondo altamente tecnologico, in cui quasi tutti possiedono un Net-Navi, un alter ego virtuale capace di viaggiare in Internet, dove è stata addirittura creata una grande città proprio per loro, combattere o usati per riparare oggetti elettronici; molti usano i propri amici virtuali per azioni criminali. La loro città, chiamata Net-City, ha poche regole. Una di queste è quella che proibisce l'uso di qualsiasi tipo di Battlechip, ma si possono usare solo le armi basilari che ogni Navi possiede. Lan ha un Net-Warrior molto speciale, Megaman, un robottino blu che, a causa delle sue origini, ha molti poteri in più degli altri Net-Navi. Come se non bastasse, nei Portal Entertainment Terminal (PET) vengono inseriti dei chip, chiamati Battlechip, che potenziano i Net-Navi fornendo loro armi, dotandoli di potenti abilità o proteggerli.
