L'anime è ambientato sullo sfondo dei tumulti che decretarono la fine dello shogunato Tokugawa e l'inizio del periodo Meiji (1868), l'epoca illuminata che segnò un repentino progresso tecnologico e sociale e che emancipò il Giappone dal passato feudale proiettandolo verso la modernità. In questo scenario di violenti scontri fra clan e intrighi politici avviene l'incontro tra il protagonista Kenshin Himura e la misteriosa Tomoe Yukishiro, fra i quali nascerà una disperata e struggente passione.
