Quando i membri dell'equipaggio dell'Enterprise sono chiamati al rientro, si ritrovano di fronte a una implacabile forza di terrore, interna alla loro organizzazione, che ha fatto esplodere la flotta e tutto ciò che essa rappresenta, lasciando il mondo in uno stato di crisi. Con un obiettivo personale da portare a termine, il capitano Kirk (Chris Pine) conduce una caccia all'uomo che spinge l'equipaggio verso una partita a scacchi con la morte, durante la quale alcuni legami si rafforzeranno ed altri invece saranno spezzati.
