Dal profondo delle fogne di New York City, si nascondono quattro tartarughe mutanti: Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo. Sin dalla loro adolescenza questi fratelli intraprendono nuove ed emozionanti avventure, attingendo ai loro poteri ninja, collaborando e formando una squadra di eroi. Essendo la serie un reboot, i personaggi presentano caratteristiche del tutto nuove rispetto alle precedenti incarnazioni. Inoltre, per la prima volta nel franchise, Raffaello, Leonardo, Donatello e Michelangelo sono esplicitamente presentati ognuno come una specie diversa di tartaruga.