In un futuro non troppo lontano la nanotecnologia ha fatto passi da gigante e consente al magnate della multinazionale MARS di vendere armi ai governi e contemporaneamente fornire le tecnologie di difesa da quelle armi, controllando così di fatto il mercato. Lo scoprono ben presto due soldati semplici attaccati mentre trasportano pericolose testate della MARS. L'unico rimedio lo offre una divisione militare segreta, i G.I. Joe: soldati altamente qualificati impiegati dal governo per missioni semi impossibili. Con loro tenteranno di impedire alla società di poter ricattare tutti i governi del mondo.
