Dopo aver terminato le vacanze estive, Ben Tennyson, un ragazzino di dieci anni, ritorna alla normalità delle sue giornate e si ritrova alle prese con le molestie dei soliti bulli, con i problemi con il suo maestro e con un omnitrix fuori uso. Per fare qualcosa di nuovo, decide allora di partecipare a un programma di formazione aliena ma gli effetti non sono incoraggianti. Inviato sulla Terra sotto sembianze aliene a cercare di annientare gli alieni malvagi, Ben diviene l'oggetto di mira del cattivo Mechamorph Warrior, un nuovo nemico da combattere per salvare le vite del nonno, della cugina Gwen e dell'intera galassia....